Da Klingenberg skulle restaureres i sommeren 2000 fik det en kulturhistorisk dimension, da grave fra Skt. Knuds kirkegård dukkede op lige under vejbanen. Kirkegården og begravelserne er ifølge museumsloven fortidsminder på linie med bopladser og gravhøje, og skulle derfor graves ud og registreres før anlægsarbejdet kunne fortsætte. Det blev en af årets største arkæologiske indsatser i Danmark, hvor 26 arkæologer fra hele landet i løbet af to måneder undersøgte 2500 m2 og gravede 500 skeletter ud.
Skeletterne er et enestående materiale til at belyse hvordan befolkningen har udviklet sig og til at belyse sygdom og sundhed i Odense i perioden fra 1100 -1800. Lægevidenskaben kan ved at sammenligne de gamle skeletter med moderne materiale undersøge skelettets udvikling og lave prognoser om udviklingen i fremtiden.
Udgravningen gav også ny viden om bymidtens historie og om fortidens begravelsesskikke. Særligt begravelsen af en kvinde og hendes ufødte barn. Mor og barn var begravet med en saks, en lille flaske og to mønter. Folkelige og "ukristelige" gravgaver, som skulle hjælpe mor og barn i det hinsidige. Saksen skulle bruges til at klippe navlestrengen over med, flasken indeholdt sandsynligvis dåbsvand, og mønterne var til at ofre ved den første kirkegang efter fødslen. Graven er fra begyndelsen af 1720erne, og den er det ældste eksempel på denne overtro i Danmark. Udgravningerne på Klingenberg føjer en vigtig brik til tidligere udgravninger fra oldtiden, yngre stenalder og to urnegrave fra yngre bronzealder.
